Lighter, Попробуйте поставить в настройках РМ - Закрытие смены - Режим проверки открытых заказов - Запретить закрытие смены при их наличии
После того, как чек пробит, должна появиться запись в регистре "Чеки ККТ" и после этого заказ считается оплаченным. Вроде как эта галка проверяет наличие записи в этом регистре(основной реквизит "Чек есть")
https://yadi.sk/i/cM5crPXeoTDPYA