по версии 1_6_23_2
 

СБ_ТоварныйОтчет версии 1_6_23_2 содержит только макет ОП14, а где Торг29?
СБ_ТоварныйОтчет версии 1_6_22_4 не объединяется и не сравнивается с СБ_ТоварныйОтчет версии 1_6_23_2

1. Как и раньше, до релиза 1.6.23, товарный отчет содержит и ОП-14 и ТОРГ-29. Выбор производится в форме, вызываемой по кнопке "Настройка".

2. Это совершенно другой отчет, поэтому он и не будет сравниваться с предыдущей версией.

Не сразу распознал, в чём у Вас проблема.
Видимо, обновляли через "Сравнить, объединить...". Так делать не рекомендуется, т.к. во-первых, если не установить флаг удаления объектов основной конфигурации, не удалятся устаревшие объекты метаданных, во-вторых, не обновятся закрытые модули.

Обновления рекомендуется делать так:
Порядок обновления информационной базы